水稻有利基因的发掘、遗传鉴定及育种利用研究；水稻杂种优势形成的分子机理，利用分子技术创制杂交稻育种亲本；培育优质、抗病超级杂交稻新组合。
研究方向及内容
1. 水稻分子筛选平台的建立：建立快速的高通量的分子筛选技术体系，并应用于育种实践。
2. 水稻重要性状QTL（基因）的定位与杂种优势机理研究：从稻种资源中筛选重要性状进行基因定位和克隆研究；构建各类遗传群体，开展超级杂交稻杂种优势机理研究。
3. 超级杂交稻新品种选育与推广：传统育种技术与分子技术结合，创制水稻新不育系和恢复系，选育优质、抗病和广适性的超级杂交稻新组合，并进行示范推广。
科研成果
——获奖成果
1. 后期功能型超级杂交稻育种技术及应用，2011年获国家技术发明二等奖；
2. 超级稻协优9308的选育、超高产生理基础研究及生产集成技术示范推广，2004年获国家科技进步二等奖；
3. 超级杂交稻育种创新团队，2008年获农业部中华农业科技奖；
4. 直播稻出苗动力学的生理与遗传基础研究及育种材料创制，2007年获浙江省科学技术三等奖；
5. 褐色颖壳不育系中7A的选育及杂交水稻机械化制种技术研究, 2004年获中国农业科学院科技成果二等奖；
6. 超级杂交稻育种亲本选配理论及同核异质广亲和不育系的创建，2002年获浙江省科学技术三等奖；
7. 籼型紫叶标记光-温敏核不育系中紫S的选育及利用，2000年获浙江省科技进步三等奖。
——育成品种
国审品种：国稻1号、内2优6号（国稻6号）、中9优8012、内2优111、内5优8015（国稻7号）、天优8012
省级审定：天优8025、天优8019、内5优8012、协优950、丰优9939、中优9号、中优1176、培两优8007、菲优E1、II优8006、中5优111、中优6号、中8优6号（国稻3号）、菲优600、协优9308
——发表的主要著作及论文
1. 程式华. 中国超级稻育种. 北京：科学出版社，2010.
2. 程式华，李建. 现代中国水稻. 北京：金盾出版社，2006.
3. 曹立勇，杨仕华. 优质水稻品种及高效栽培关键技术. 北京：中国三峡出版社，2006.
4. 程式华，曹立勇，占小登. 杂交水稻制种技术. 北京：金盾出版社，2005.
5. 曹立勇，唐绍清. 水稻良种引种指导. 北京：金盾出版社，2004.
6. Zhai Rongrong,Feng Yue,Wang Huimin,Zhan Xiaodeng,Shen Xihong,Wu Weiming,Zhang Yingxin,Chen Daibo,Dai Gaoxing,Yang Zhanlie,Cao Liyong,Cheng Shihua.Transcriptome analysis of rice root heterosis by RNA-Seq.BMC Genomics,2013,14(19):1-14.
7. Zhai Rongrong,Feng Yue,Zhan Xiaodeng,Shen Xihong,Wu Weiming,Yu Ping,Zhang Yingxin,Chen Daibo,Wang Huimin,Lin Zechuan,Cao Liyong,Cheng Shihua.Identification of Transcriptome SNPs for Assessing Allele-Specific Gene Expression in a Super-Hybrid Rice Xieyou9308.Plos ONE,2013,8(4):1-6.
8. Liang Yongshu,Zhan Xiaodeng,Shen Xihong,Cao Liyong,Cheng Shihua.Locating QTLs controlling several adult root traits in an elite Chinese hybrid rice.Gene,2013,526(2):331-335.
9. Liang Yongshu,Zhan Xiaodeng,Gao Zhiqiang,Lin Zechuan,Yang Zhanlie,Zhang Yinxin,Shen Xihong,Cao Liyong,Cheng Shihua.Mapping of QTLs associated with important agronomic traits using three populations derived from a super hybrid rice Xieyou9308.Euphytica,2012,184(1):1-13.
10. zhan Xiaodeng,Zhou Haipeng,Chai Rongyao,Zhuang Jieyun,Cheng Shihua,Cao Liyong.Breeding of R8012,a Rice Restorer Line Resistant to Blast and Bacterial Blight Through Marker-Assisted Selection.Rice Science,2012,19(1):29-35.
11. Cao Liyong,Wu Jianli,Fan Yeyang,Cheng Shihua,Zhuang Jieyun.QTL analysis for heading date and yield traits using recombinant inbred lines of indica rice grown in different cropping seasons.Plant Breeding,2010,129(6):676-682.
12. Feng Yue,Cao Liyong,Wu Weiming,Shen Xihong,Zhan Xiaodeng,Zhai Rongrong,Wang Ruci,Chen Daibo,Cheng Shihua.Mapping QTLs for nitrogen-deficiency tolerance at seedling stage in rice(Oryza sativa L.).Plant Breeding,2010,129(6):652-656.
13. 陈代波,占小登,吴超,沈希宏,吴伟明,高志强,程式华,曹立勇.一个水稻长护颖突变体的遗传分析和基因定位.作物学报,2010,36(9):1506-1511.
14. 占小登,樊叶杨,程式华,庄杰云,曹立勇.水稻第6染色体短臂株高及产量性状QTL的分解.中国水稻科学,2008,22(2):137-142.
15. 周海鹏,占小登,柴荣耀,程式华,曹立勇.具抗稻瘟病基因Pi25杂交稻恢复系的分子标记辅助选育.中国水稻科学,2008,22(6):590-596.
16. Cheng Shihua,Zhuang Jieyun,Fan Yeyang,Du Jinghong,Cao Liyong.Progress in Research and Development on Hybrid Rice: A Super-domesticate in China.Annals of Botany,2007,100(5):959-966.
17. Cheng Shihua,Cao Liyong,Zhuang Jieyun,Chen Shenguang,Zhan Xiaodeng,Fan Yeyang,Zhu Defeng,Min Shaokai.Super Hybrid Rice Breeding in China: Achievements and Prospects.Journal of Integrative Plant Biology,2007,49(6):805-810.
——专利
1. 一种水稻数量性状基因座（QTL）定位的方法（ZL 2010 1 0269959.7），2013年授权。
2. 利用中胚轴长度指标选育直播稻新品种的方法（ZL 2006 1 0089668.3），2009年授权。
3. 超级杂交稻育种亲本选配方法（ZL 02 1 10994.X），2008年授权。
4. 利用根系指标选育超级稻的方法（ZL 2004 1 0016877.6），2006年授权。
——水稻品种权
中新A（CNA20070130.4），2010年授权。
中恢9308（CNA20060769.3），2010年授权。
菲优600（CNA20050723.0），2009年授权。
国稻6号（CNA20050722.2），2009年授权。
国稻1号（CNA20050721.4），2009年授权。
中恢111（CNA20050210.7），2008年授权。
R1176（CNA20050209.3），2008年授权。
中恢8006（CNA20030473.9），2006年授权。
课题组成员
研究与技术人员：曹立勇、程式华、陈深广、吴伟明、沈希宏、占小登、张迎信、于 萍、陈代波、吴伟勋
博士研究生：刘群恩、王仕强、孙廉平、张振华、毕真真、张佩佩
硕士研究生：曹志刚、李 枝、刘 林、徐晓明、余大龙、赵春德、董 青、余 宁、孙 滨、周 全、杨正福
联 系 人：占小登
联系电话：0571-63370265 传真：0571-63370265 电子邮箱：zhanxiaodeng;hotmail.com
