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自1981年建所以来 ，先后与美国、欧盟、俄罗斯、日本、韩国、澳大利亚、印度、越南、泰国、菲律宾、巴西、埃及、联合国粮农组织、国际粮食政策研究所、国际水稻研究所、瑞士先正达公司、美国水稻技术公司等多个国家、国际组织及国际跨国公司建立合作关系，开展水稻生物技术、遗传育种、农艺栽培、品种资源等众多领域的合作研究。累计承担国际合作研究的项目100余项，合作经费3000余万元，累计接待外宾500多批，1200余人次，派出900多人次出国参加国际学术会议、访问交流及国际培训等，承办各种类型国际学术会议和研讨会20余次，举办“杂交水稻育种”、“水稻育种和栽培技术”及“水稻种子质量控制与保障体系”等国际培训班，接受来自越南、巴基斯坦、乌兹别克斯坦、菲律宾、柬埔寨、老挝、缅甸等国家学员来我所培训。

当前，我所牵头承担面向埃及、乌兹别克斯坦、国际水稻研究所等的国家重点国际合作项目5项，在印度尼西亚、乌兹别克斯坦、巴基斯坦、柬埔寨等地建立了水稻联合研发平台，2个合作选育品种通过印度尼西亚品种审定，与国际水稻研究所等合作联合建立了“中国-国际水稻研究所稻米品质与营养联合研究中心”“国际粳稻联合研究中心”。多名专家分别在国际水稻委员会、国际杂交稻联盟、亚洲水稻研究合作委员会、韩国农村振兴厅任委员或顾问，100余名专家在国际一流期刊担任编委。

通过国际合作，引进国外知名专家和利用国外种质资源、先进技术取得显著成效，先后获得国家科技进步一等奖2项、国家科技进步二等奖3项，合作的研究成果在《Science》《Nature Genetics》《Plant Cell》上发表，选育的品种和技术在中国年推广1.5亿亩以上。2009年我所被科技部授予国家级“国际科技合作基地”称号，2013年被国家外国专家局命名为“国家引进国外智力示范单位”。