科技创新进展：研发了一种高通量、高效、低成本鉴定CRISPR/Cas基因编辑突变体的工具
近日，我所王克剑团队与中科院遗传发育所高彩霞团队、上海交通大学儿童医学中心李彦欣团队合作开发了基于二代测序的基因编辑突变鉴定工具Hi-TOM，该突变体鉴定方法具有便捷、高效、灵敏和低成本等优点。相关研究成果以“Hi-TOM: a platform for high-throughput tracking of mutations induced by CRISPR/Cas systems”为题于11月 13日在线发表于《中国科学（Science China Life Sciences）》杂志。
CRISPR/Cas9技术自问世以来，就显现出其它基因编辑技术无可比拟的优势，现已被广泛应用于基础研究、基因治疗和遗传改良等多个领域。在完成基因编辑后通常需要进行大规模的测序分析来解读突变信息。但是普通的Sanger测序难以解析基因编辑常见的低频突变、嵌合突变以及复杂突变；对多倍体、多样本或多位点分析时，突变分析工作通常需要投入大量的测序费用和分析时间。目前二代测序已越来越多的应用到各种检测分析中，但是复杂的测序文库构建方法以及专业的生物信息学分析限制了二代测序在基因编辑检测领域的应用。
该研究面向普通生物学实验室开发的Hi-TOM方法只需两步普通PCR即可完成多样本混合测序文库构建，在得到测序数据后，只需要将测序数据上传至Hi-TOM在线分析网站（http://www.hi-tom.net/hi-tom/）就可以解析获得每个样品每个位点的详细突变序列以及对应的基因型信息。文章中以六倍体小麦、人类细胞和水稻样品为例，测试发现Hi-TOM具有极高的灵敏度与准确性。因此，Hi-TOM工具的开发为普通实验室提供了一个简单经济高效的基因编辑突变鉴定策略。同时，为了方便科研人员更好地利用Hi-TOM进行突变鉴定，研究团队还与诺禾致源公司联合开发了Hi-Tom试剂盒（http://www.novogene.com/tech/service/hi-tom/product/）。目前，Hi-TOM已被生物科技领域的权威综合数据平台OMICtools收录。
该研究得到国家重点研发计划、国家自然科学基金以及中国农科院科技创新工程经费资助。我所刘庆助理研究员和王春副研究员为该论文的共同第一作者，王克剑研究员为通讯作者。
全文链接: http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SCLS/doi/10.1007/s11427-018-9402-9?slug=full text
Hi-TOM操作流程示意图
Hi-TOM网页分析工具界面