基因定位与克隆
构建水稻近等基因系材料，进行产量相关性状QTL的分解、精细定位和基因克隆；开展主效基因的分子标记辅助育种，培育杂交稻亲本和杂交稻组合，并探索应用转基因技术和分子标记辅助育种开展高产育种的技术途径。
研究方向及内容
1. 水稻产量相关性状QTL精细定位和基因克隆；
2. 杂交水稻亲本的分子标记辅助育种；
3. 转基因技术和分子标记辅助选择的高产育种应用。
科研成果
——获奖成果
1. 优质早籼高效育种技术研创及新品种选育应用，2012年国家科技进步奖二等奖；第一完成单位，第九完成人。
2. 后期功能型超级杂交稻育种技术及应用，2011年国家技术发明奖二等奖；第一完成单位，第三完成人。
3. 直播稻出苗动力学的生理与遗传基础研究及育种材料创制，2007年浙江省科学技术奖三等奖；第一完成单位，第四完成人。
5. 水稻穗瘟和叶瘟抗性的遗传分析和基因定位，2006年中国农业科学院科学技术成果奖二等奖、浙江省科学技术奖三等奖；第一完成单位，第一完成人。
6. 水稻有利基因快速转育技术及多抗、优质新品种选育，2005年浙江省科学技术奖二等奖；第一完成单位，第九完成人。
7. 水稻白背飞虱新抗源发掘、遗传研究和新抗性基因Wbph-6(t)分子定位，2002年中国农业科学院科学技术奖一等奖、浙江省科学技术奖三等奖；第一完成单位，第九完成人。
8. 超级杂交稻育种亲本选配理论及同核异质广亲和不育系的创建，2002年中国农业科学院科学技术奖二等奖、浙江省科学技术奖三等奖；第一完成单位，第三完成人。
——发表的主要论文
1. Mei D-Y,Zhu Y-J,Yu Y-H,Fan Y-Y,Huang D-R,Zhuang J-Y.Quantitative trait loci for grain chalkiness and endosperm transparency detected in three recombinant inbred line populations of indica rice.Journal of Integrated Agriculture,2013,12(1):1-11.
2. Zhang Z-H,Wang K,Guo L,Zhu Y-J,Fan Y-Y,Cheng S-H,Zhuang J-Y.Pleiotropism of the photoperiod-insensitive allele of Hd1 on heading date, plant height and yield traits in rice.PLoS ONE,2012,7(12): e52538.
3. Shen B,Yu W-D,Zhu Y-J,Fan Y-Y,Zhuang J-Y.Fine mapping of a major quantitative trait locus, qFLL6.2, controlling flag leaf length and yield traits in rice (Oryza sativa L.).Euphytica,2012,184:57-64.
4. Shen B,Yu W-D,Du J-H,Fan Y-Y,Wu J-R,Zhuang J-Y.Validation and dissection of quantitative trait loci for leaf traits in interval RM4923-RM402 on the short arm of rice chromosome 6.J Genet,2011,90:39-44.
5. Cao L-Y,Wu J-L,Fan Y-Y,Cheng S-H,Zhuang J-Y.QTL analysis for heading date and yield traits using recombinant inbred lines of indica rice grown in different cropping seasons.Plant Breeding,2010,129:676-682.
6. Chen J,Huang D-R,Wang L,Liu G-J,Zhuang J-Y.Identification of quantitative trait loci for resistance to whitebacked planthopper, Sogatella furcifera, from an interspecific cross Oryza sativa × O. rufipogon.Breeding Sci,2010,60:153–159.
7. 龚俊义,吴季荣,王凯,樊叶杨,庄杰云.水稻硅含量QTL qHUS6.1的精细定位.科学通报,2010,55(23):2302-2306.[英文稿发表于Chinese Sci Bull,2010,55(29):3283–3287]
8. Yu Y-H,Li G,Fan Y-Y,Zhang K-Q,Min J,Zhu Z-W,Zhuang J-Y.Genetic relationship between grain yield and the contents of protein and fat in a recombinant inbred population of rice.J Cereal Sci,2009,50:121-125.
9. Dai W-M,Zhang K-Q,Wu J-R,Wang L,Duan B-W,Zheng K-L,Cai R,Zhuang J-Y.Validating a segment on the short arm of chromosome 6 responsible for genetic variation in the hull silicon content and yield traits of rice.Euphytica,2008,160:317-324.
10. Cheng S-H,Zhuang J-Y,Fan Y-Y,Du J-H,Cao L-Y.Progress in research and development on hybrid rice, a super-domesticate in China.Annals of Botany,2007,100:959-966.
11. Wu J-L,Fan Y-Y,Li D-B,Zheng K-L,Leung H,Zhuang J-Y.Genetic control of rice blast resistance in the durably resistant cultivar Gumei 2 against multiple isolates.Theor Appl Genet,2005,111:50-56.
12. Zhuang J-Y,Fan Y-Y,Rao Z-M,Wu J-L,Xia Y-W,Zheng K-L.Analysis on additive effects and additive-by-additive epistatic effects of QTLs for yield traits in a recombinant inbred line population of rice.Theor Appl Genet,2002,105:1137-1145.
13. Zhuang J-Y,Ma W-B,Wu J-L,Chai R-Y,Lu J,Fan Y-Y,Jin M-Z,Leung H,Zheng K-L.Mapping of leaf and neck blast resistance genes with resistance gene analog, RAPD and RFLP in rice.Euphytica,2002,128(3):363-370.
14. 庄杰云,樊叶杨,吴建利,夏英武,郑康乐.超显性效应对水稻杂种优势的重要作用.中国科学(C辑),2001,31(2):106-113.[其英文稿发表于Sci in China (Series C) 2001,44(3):327-336]
15. Zhuang J-Y,Lin H-X,Qian H-R,Lu J,Hittalmani S,Huang N,Zheng K-L.Analysis of QTL x Environment interaction for yield components and plant height in rice.Theor Appl Genet,1997,95:799-808.
——专利
1. 从非变性聚丙烯酰胺胶中回收和纯化DNA片段的方法（ZL 2009 1 0100944.5），2012年授权。
2. 检测抗稻瘟病等位基因的特异性PCR分子标记（ZL 2009 1 0155609.5），2012年授权。
3. 水稻抗稻瘟病基因Pi25的特异性分子标记及其专用引物（ZL 2009 1 0152617.4），2012年授权。
4. 水稻抗稻瘟病基因Pi25编码区及其应用（ZL 2009 1 0155266.2），2011年授权。
5. 超级杂交水稻育种亲本选配方法（ZL 02 110994.X），2008年授权。
6. 检测水稻抗稻瘟病基因Pi25(t)的分子标记SK17（ZL 2003 1 0100888.8），2007年授权。
7. 检测水稻抗稻瘟病基因Pi25(t)的分子标记SA7（ZL 2003 1 0100889.2），2007年授权。
——制定标准
1. 水稻品种鉴定DNA指纹方法（NY/T 1433-2007），中华人民共和国农业行业标准，2007.9.14颁布，2007.12.1日实施；
——水稻品种权
1.中恢161（CNA20060673.5），2009年授权。
2.中优161（CNA20080702.1），2012年授权。
课题组成员
研究与技术人员：庄杰云、樊叶扬、黄得润、朱玉君、张振华